Le Conseil de l'église est composé du pasteur titulaire - ainsi que, s'il ya lieu, du ou des pasteur(s) adjoint(s) et stagiaire(s), et de 4 à 9 représentants de l'église locale, élus au scrutin secret par l'Assemblée Générale.
Après chaque renouvellement du Conseil, celui-ci élit un bureau, composé au minimum d'un président, d'un vice-président, d'un trésorier et d'un secrétaire.
Le conseil prépare et coordonne les activités de l'église en liaison avec les différentes commissions.
Le bureau :
* Président : Jean-Daniel Ruegger
* Vice-président et pasteur titulaire : Thiago Cardoso
* Secrétaire : Emmanuel Gyan
* Trésorier : Khatun Namoyan